RegisterStartupScript[2.0]

여담이지만, 닷넷1.1 이 아니시라면 Page.RegisterStartupScript는 사용하지 않는 것이 좋겠습니다.
2.0에서 대체된 스크립트 관리 클래스의 ClientScriptManager.RegisterStartupScript()를 이용해 주세요(^^)
 
현재 상태에서 가장 손쉽게 해결하는 방법은 클라이언트 단에서 alert 이후에 이동해 주시는 방법이 있겠습니다.
 
string script = string.Format("alert('{0}'); location.href='{1}'", message, "InputCode.aspx");
 
ClientScriptManager.RegisterStartupScript(
    this.GetType(),
    new Guid().ToString(),
    script,
    true
);


원문 : http://www.hoons.kr/Board.aspx?Name=QAASPNET&Mode=2&BoardIdx=39005&Key=&Value=